人们根据不同类水产芽孢杆菌的培养条件及其抵菌物质的生物学特性，利用各种纯化方法来纯化抵菌物质。分离纯化抵菌物质一般根据发酵液成分的复杂度进行粗提、纯化或者粗提、初步纯化和纯化。

　　1、粗提阶段：

　　一般使用硫酸铵沉淀法η、有机溶剂的萃取法或大孔吸附的树脂法来获得抵菌活性粗提物。在使用硫酸铵沉淀法制备时，一般使用70%~80%硫酸铵饱和度;而在使用有机溶剂萃取时，一般使用乙酸乙酯、正丁醇和乙腈等有机试剂。如果对活性物质的性质不了解，可以先采用硫酸铵沉淀法，如果活性物质与某种吸附剂之间存有吸附作用，可运用大孔吸附的树脂法，也可根据试验要求结合多种方法进行粗提。

　　2、初步分离：

　　水产芽孢杆菌纯化的初步分离阶段中，一般使用凝胶过滤层析离子交换层析和固相萃取等方法或几种方法相结合，从而得到相对较纯的样品。

　　凝胶过滤层析是运用凝胶本身的分子筛作用，依据被分离物质分子量大小的不同进行分离的层析方法。大分子物质被排阻，先被洗脱下来小分子物质，进入凝胶内部后被洗脱下来。

　　离子交换层析是一种以离子交换剂为固定相，根据抵菌物质所带电荷与离子交换剂上的平衡离子，进行可逆交换时结合力的差别而进行了分离的方法。大多数抵菌物质在低pH值带正电荷，因此在分离纯化过程中通常选择阳离子交换剂。

　　固相萃取是利用固体吸附剂进行吸附样品之中的目标物，从而与样品中的干扰物分离再用适合的洗脱液洗脱或是加热解吸附。也可选择性地吸附干扰化合物，让目标化合物流出。固相萃取是一种包括液相与固相的物理提取过程可看作为一个简单色谱的过程。

　　3、纯化阶段：

　　水产芽孢杆菌分离纯化的末后再用 SDS-PAGI44或效率高的液相色谱法(HPLC)进行高度纯化，效高的液相色谱法能使样品纯度达到95%，获得的纯度较高的样品，可以进行氨基酸测序和核磁分析，以便分析抵菌物质的结构。效高的液相色谱法纯化抵菌物质时，一般选用反相液，相色谱固定相主要选用十八烷基键合相(C18柱)。